Perlawanan terhadap monopoli perdagangan VOC oleh Sultan Agung dari Mataram merupakan bukti bahwa perlawanan rakyat daerah terhadap penjajah Eropa di awal abad XX bersifat sangat terpusat pada satu pemimpin karismatik.

Fatahillah berhasil mengusir Portugis dari Sunda Kelapa pada tahun 1527 dan mengganti namanya menjadi Jayakarta, yang menandakan kemenangan sempurna dan menjadi awal dari dominasi Islam di wilayah tersebut.

Perang Padri di Minangkabau awalnya dipicu oleh perselisihan antara kaum adat dan kaum Padri yang baru kembali dari Timur Tengah untuk memurnikan ajaran Islam, namun kemudian Belanda memanfaatkan perpecahan ini untuk mendapatkan wilayah.

Dalam Perang Banjar, Pangeran Tamjidillah yang didukung oleh Belanda berhasil menduduki takhta Kesultanan Banjarmasin, yang kemudian memicu perlawanan rakyat yang lebih luas.

Siasat Benteng Stelsel yang digunakan Belanda dalam Perang Diponegoro bertujuan untuk mempersempit ruang gerak pasukan Diponegoro dengan membangun benteng-benteng pertahanan di wilayah yang berhasil dikuasai.

Salah satu dampak penjajahan Eropa di bidang ekonomi adalah pemberlakuan sistem sewa tanah (landrent), yang mengubah kepemilikan tanah dari kerajaan menjadi milik kolonial.

Dalam bidang hukum, penjajahan Eropa menyebabkan hukum tradisional digantikan sepenuhnya oleh hukum kolonial, tanpa ada pengaruh sama sekali pada sistem hukum masa kini.

Pengaruh penjajahan Eropa di bidang budaya terlihat dari westernisasi, termasuk dalam pakaian dan bahasa, di mana terjadi penyerapan unsur budaya Barat.

Tujuan utama Belanda dalam memberikan pendidikan kepada pribumi adalah untuk mencerdaskan bangsa Indonesia secara menyeluruh dan mempersiapkan mereka untuk memimpin negara.

Perlawanan rakyat Maluku terhadap Portugis pada tahun 1575 berhasil mengusir mereka dari Ternate, namun VOC kemudian datang dan menguasai Maluku setelah mengusir Portugis dari Ambon.